財政部南區國稅局表示，納稅義務人與配偶無分居之事實，卻分開辦理綜合所得稅結算申報，致短漏應申報課稅所得額或應納稅額者，除依法補稅外，尚須依所得稅法第110條第1項規定，按所漏稅額裁處罰鍰。
該局舉例說明，轄內納稅義務人甲君與配偶乙君分別以自己為納稅義務人單獨辦理102年度綜合所得稅結算申報，經該局查獲後，以甲君為納稅義務人合併課徵，除補徵稅額外，並按所漏稅額3,030元處1倍罰鍰3,030元。甲君不服，復查主張其與配偶分開申報，係因辦理網路報稅時，程式未有效提醒所致，並無逃稅意圖，該局以甲君於申報期間透過網路申報查調該年度所得及扣除額時，系統已併同提供配偶之資料，且網路報稅系統亦有提醒文字，故其與配偶仍分開辦理申報，縱非故意，尚難謂無過失，依規定裁處罰鍰並無不合，駁回復查申請，嗣並因其未再提起訴願而告確定。
該局補充說明，現行所得稅法雖賦予納稅義務人得就「夫妻全部所得合併」、「配偶僅薪資分開，其餘所得合併」及「夫妻全部所得分開」等3種計稅選擇，自行擇一適用，惟仍繼續維持「家戶申報制」，意即夫妻間除非符合特定分居要件而可以分開申報外，還是必須要在同一張申報書上辦理申報，「分開計稅」並不等同於「分開申報」，請民眾不要誤會。
